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"腸腦軸"是大腦和腸消化道兩個器官間的溝通橋梁，而其中腸道中的菌群也對此路徑貢獻匪淺，三者相互影響並調控全身各種生理作用，從腦部早期發育到晚期老年的神經疾病的皆與此連結軸線有著密切的關係。

腦腸軸線是雙向的生理調控管道，和發育及身心健康息息相關。近20年的研究中，科學家已清楚地注意到腸道菌相對人體重要性，臨床上實驗，在破壞菌—腸腦軸線的平衡時，會誘導自體免疫系統對神經系統的攻擊，導致多發性硬化症。這是一種脫髓鞘性神經病變，患者腦或脊髓中的神經細胞表面的絕緣物質受到破壞，造成神經系統的訊息傳遞受損，導致一系列可能發生的症狀，影響患者的運動功能、心智能力、甚至精神狀態的損傷。

神經發炎（Neuroinflammation）是指神經組織的發炎反應，可能為感染、創傷性腦損傷、有毒物質或自體免疫疾病所致。因免疫細胞一般無法穿越血腦障壁，中樞神經系統（腦與脊髓）是免疫豁免區[3]，但中樞神經系統中負責清除異物的小膠質細胞與星狀細胞、內皮細胞等皆可釋放多種促進發炎反應的細胞激素（白血球介素-6、白血球介素-1β、腫瘤壞死因子-α等），為正常神經調節的機制之一，而當神經發生感染或創傷時，這些細胞可能持續分泌細胞激素造成急性發炎。

當飲食造成腸道不健康時，就會影響到內分泌功能、免疫功能、也影響到腦部，進而容易形成神經性發炎。

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